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雷傑納隆獎入圍/王杰夫創建生物信息學工具 識別3D基因組排名

2021年雷傑納隆科學獎學者王杰夫。(王杰夫提供)
2021年雷傑納隆科學獎學者王杰夫。(王杰夫提供)

王杰夫(Jeffrey Wang)是加州主教學校(The Bishop’s School)應届畢業生,他創建一種生物信息學工具,可以識別3D基因組變化並排名,入圍今年雷傑納隆科學獎半決賽。

王杰夫介紹,該研究「識別跨多個細胞系的3D基因組間隔顯著變化的系統方法」(A Systematic Method to Identify Significant Changes in 3D Genome Compartmentalization Across Multiple Cell Lines),如果完全伸展,細胞中的DNA將是2米長的細繩,但必須以6-10μm的平均直徑嵌入核中。

基因組的包裝和構架並非隨意填充,而是有非常系統的順序。事實證明,從癌症到細胞分化的許多過程,都是受3D格局變化的指導或引起的。最新實驗表明,基因組在空間上分為活動區域和非活動區域。但由於當前方法的局限,無法系統地比較多個細胞系之間的組織。

王杰夫的項目描繪了這種架構,他創建一個生物信息學工具,使用多種歸一化和多元統計技術,用來識別3D基因組中的顯著變化並對其排名。通過將其應用於多個複雜數據集,可以恢復重要的基因途徑,公開獲得應用程序,用於數百個現有和新發布的數據集,從而為研究3D基因組開闢新方式:發現新途徑,調控機制和癌症靶標。

入圍年度雷傑納隆科學獎半決賽,王杰夫非常激動。他表示,研究該項目花費一年半時間,能夠受到肯定是非同尋常的榮幸。同時對於幫助他實現這個目標的教授、導師和老師們都深表感謝。

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